Как строить новую систему и не сломать старую, которая работает?

Новое агент делает в ветке: это отдельная линия изменений в репозитории. Рабочая версия в основной ветке main не меняется, пока вы не проверили изменения и не влили их. Git откатывает любой шаг, поэтому ошибка стоит одну команду. Переносите по одному регулярному процессу за раз, остальное живёт по-старому.

Что сделать. После сдачи, если успеваете: pull request, то есть запрос влить ветку в main, проверка вторым агентом, слияние.